گروه گياهپزشكي دانشکده کشاورزي دانشگاه صنعتي اصفهان در سال 1361 اقدام به پذيرش دانشجو در رشته گياهپزشكي در مقطع كارشناسي نمود. اين گروه شامل دو بخش بيماري شناسي گياهي و حشره شناسي كشاورزي با هشت عضو هیئت علمی مي باشد كه از اين تعداد دو نفر در حال ادمه تحصيل در دوره دكتري حشره شناسي كشاورزي در خارج از كشور مي باشند.  گروه گياهپزشكي  داراي سه آزمايشگاه آموزشي حشره شناسي، بيماري هاي گياهي وسم شناسي با امكاناتي مناسب جهت  آزمايشگا ه هاي دروس مقطع كارشناسي و چهار آزمايشگاه پژوهشي جهت استفاده دانشجويان كارشناسي ارشد مي با شد.  اين گروه در حال حاضر در دو رشته بيماري شناسي گياهي و حشره شناسي كشاورزي در مقطع كارشناسي ارشد دانشجو مي پذيرد. زمينه تحقيقاتي بخش حشره شناسي كه از سال 1374 اقدام به   پذيرش دانشجوي كارشناسي ارشد مي نمايد بطور خلاصه شامل كنترل تلفيقي آفات، مبارزه بيولوژيك آفات، توليد انبوه حشرات مفيد، تغذيه حشرات، بيولوژي و اكولوژي حشرات، نوسانات جمعيت آفات و مطالعه حشرات مفيد مانند زنبور عسل و كرم ابريشم مي باشد. اولين دوره كارشناسي ارشد بيماري شناسي گياهي از سال 1381 راه اندازي شد و تاكنون در موضوعات ذيل پايان نامه هاي دانشجوئي هدايت شده اند. رديابي فايتوپلاسماهاي همراه درختان ميوه، تعيين تنوع ژنتيكي باكتري هاي بيماري زاي سيب زميني، شناسائي باكتري هاي بيماري زاي گياهي، تشخيص قارچ هاي همزيست داخلي گياهان، تاكسونومي قارچ هاي ترايكودرما، آسپرجيلوس، فوزاريوم، سفيدك هاي پودري، زنگ ها و سياهك ها با استفاده از روش هاي مولكولي و سنتي، تشخيص مولكولي ژن هاي درگير در بيوسنتز آفلاتوكسين و تركوتسين، تعيين خصو صيات مولكولي و بيولوژيكي  لوتئوويروس ها و كلستروويروس هاي  مولد زردي چغندر قند و كدوئيان، تعيين خصوصيات مولكولي ويروس هاي مهم سير.